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• Infecciones del aparato digestivo: La forma de presentación más frecuente de las microsporidiosis es la infección de epitelios del aparato digestivo nespecialmente el intestino delgado ( duodeno distal y yeyuno proximal) y epitelio biliar. El microorganismo se localiza en la superficie apical de los enterocitos del intestino delgado y las células epiteliales del árbol biliar y el páncreas. Se produce principalmente por dos especies: E. bieneusi y  E. intestinalis. La enfermedad es provocada por ingesta oral de las esporas.La infección por Enterocytozoon bieneusi no produce enteritis activa ni ulceración, pero sí diferentes grados de colapso de microvellosidades e hiperplasia de criptas.La infección puede acompañarse de un aumento de linfocitos intraepiteliales y desestructuración del epitelio. E. intestinalis es un microorganismo invasivo y pueden encontrarse esporas tanto en las zonas basal y apical de los enterocitos infectados como en las células de la lámina propia, incluidos los fibroblastos, las células endoteliales y los macrófagos

• Infecciones del aparato genitourinario: Causada por el género Encephalitozoon. El mecanismo de infección se basa en la eliminación de esporas por la orina, debido a la afectación de otro órgano

• Infección del sistema nervioso central: Encefalitis granulomatosa por Encephalitozoon cuniculi

• Infección ocular: La infección por E. cuniculi, E. hellem o E. intestinalis puede provocar una queratitis punctata y una conjuntivitis caracterizadas por la presencia de múltiples úlceras corneales puntiformes.Los microorganismos no invaden el estroma corneal y quedan confinados al epitelio, siendo rara la presencia de células inflamatorias. otros microorganismo asociados son N. ocularum y A. algerae.

• Infección osteomuscular: En el ser humano se han descrito casos de miositis con inflamación provocada por diferentes microsporidios como Pleistophora ronneafiei, Pleistophora sp., Trachipleistophora hominis, Anncaliia vesicularum

• Infección respiratoria (en senos paranasales): Infecciones diseminadas por Encephalitozoonidae es bastante frecuente la afectación del tracto respiratorio

• Infección en piel: Se han descrito casos de infección cutánea por microsporidios.Por A. algerae que afecta a elementos celulares de la dermis y microorganismos del género Encephalitozoon, los cuales provocan  lesiones nodulares cutáneas.

• Infección en globo ocular: Queratitis, infección ocular con úlceras o infección profunda del estroma corneal acompañados de dolor local en pacientes inmunocompetentes.

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EN PACIENTES INMUNOCOMPROMETIDOS - VIH POSITIVO

En este tipo de pacientes el conjunto  de enfermedades incluye: queratoconjuntivitis, infección diseminada, hepatitis, miositis sinusitis,infecciones renales y urogenitales, ascitis y colangitis, así como infecciones asintomáticas.

• Enterocytozoonidae: Con frecuencia aparece en pacientes con SIDA con recuentos de CD4+ inferiores a 50 células/ml, que presentan deposiciones diarias de 3 a 10, con heces blandas o acuosas que no contienen sangre ni leucocitos. Las manifestaciones clínicas de esta diarrea crónica incluyen: anorexia, pérdida de peso y timpanismo sin fiebre asociada. Los dos primeros signos se desarrollan debido a que la diarrea suele empeorar con la ingesta y se acompaña de malabsorción por lo cual el paciente para disminuir las deposiciones reduce la ingesta de alimentos lo cual  lleva a un sindrome caquectico  El principal microorganismo involucrado es E. bieneusi, el cual no solo invade los enterocitos sino el árbol biliar dando como resultado colangitis.
• Encephalitozoonidae: Entre estos encontramos los microorganismos: E. cuniculi, E. hellem y E. intestinalis, los cuales tiene un alto grado de diseminación y producen gastroenteritis, queratitis, sinusitis, bronquiolitis,nefritis, cistitis-ureteritis, uretritis, prostatitis, hepatitis, insuficiencia hepática fulminante, peritonitis, encefalitis e infección diseminada.

• Trachipleistophora anthropophthera: puede presentarse en forma de encefalitis, miositis o queratoconjuntivitis.El cuadro clínico de la miositis se manifestaba con mialgias, debilidad muscular, elevación de los niveles séricos de CPK y aldolasa. Además de una electromiografía alterada, compatible con una miopatía inflamatoria

• E. hellem: A este microorganismo se le incluye la mayoría de infecciones oculares. Esta, suele limitarse al epitelio superficial de la córnea y la conjuntiva (queratitis superficial), y raramente progresa a una ulceración corneal. En la exploración, la conjuntiva aparece hiperémica con queratopatía superficial punteada, sin úlceras profundas ni afectación de la retina.La infección puede ser uni o bilateral y a menudo está relacionada con enfermedad diseminada.